Edellisen pelin The Ancients -kohtaamisen aiheuttaman trauman vuoksi Mike on romahtanut. Dark Seed 2:ssa Mike palaa kotikaupunkiinsa osallistuakseen high schoolinsa luokkakokoukseen. Pian saapumisen jälkeen alkaa tapahtua mystisiä asioita. Hänen entinen high school -tyttöystävänsä murhataan kokousiltana, ja Mike joutuu yhtäkkiä pääepäillyksi. Vähitellen Mikelle selviää, että The Ancients on palannut vainoamaan häntä uudelleen. Dark Seed on suunniteltu klassiseksi point-and-click-seikkailuksi, jossa korostuvat vuorovaikutus ja pulmatehtävät. Dark Seed 2 on ensimmäisen kauhupelin jatko-osa, jossa Mike Dawson kohtasi salaperäiset The Ancients -olennot.
