Peli sijoittuu toisen maailmansodan aikaan, ja sinä olet B.J. Blazkowicz. B.J. on liittoutuneiden paras agentti, ja hänen on nyt käytävä taisteluun vihollista vastaan. Miekka, jonka kerrotaan isketyn Jeesuksen kylkeen, on päätynyt natsien käsiin. Sanotaan, että miekkaa hallussaan pitävä on voittamaton, joten se on haettava pois Castle Wolfensteinista – sinun toimestasi! Spear of Destiny on Wolfenstein 3D:n uusi, kaupallinen versio.
