Shao Khan on voittanut. Earthrealm ei ole enää olemassa. Elvyttääkseen kuningattarensa Sindelin keisari Shao Khan käytti Mortal Kombat 2:n Outworld-turnausta harhautuksena samalla, kun hänen varjopappinsa herättävät kaatuneen kuningattaren. Sen jälkeen hän yhdistää kaksi maailmaa ulottuvuussillalla, jotta Khanin tuhoamisarmeija voi tunkeutua Maahan, tuhota sen ja alistaa väestön sielut. Vain pieni joukko Raidenin valitsemia sotureita selviää hyökkäyksestä: Mortal Kombat -mestari Liu Kang ja hänen liittolaisensa Kung Lao, Special Forces -agentit Sonya Blade ja JAX sekä muut. Nyt heidän tehtävänään on pelastaa maailma.
Mortal Kombat 3 on sarjan viimeinen perinteinen yksi vastaan yksi -taistelupeli.